La SNCM aurait bénéficié de près de 220 millions d'euros d'aides publiques au titre d'un service dit « complémentaire » concernant la liaison Marseille-Corse. Ce service, mis en place lors de la haute saison, servait à améliorer la disponibilité de trajets auprès des touristes.
Mais Bruxelles estime que ces aides était totalement illégales car « incompatibles avec les règles de l'UE ». La Commission européenne a en effet estimé, en mai 2013, que ces aides « ne correspondaient à aucun besoin de service public » la liaison entre le continent et l'île de Beauté étant assurée par des compagnies privées.
Bruxelles a donc demandé au gouvernement de se faire rendre ces 220 millions d'euros d'aides. Mais la SNCM, qui traverse une période très difficile et est sur le bord du dépôt de bilan, ne les a pas encore rendues à l'état, et ce dernier ne fait pas assez pression sur la société. La SNCM aurait du rendre ce montant dans les quatre mois, mais rien n'a encore été versé.
Bruxelles a donc estimé nécessaire de déposer plainte auprès de la Cour de justice de l'Union Européenne car, si la SNCM et le gouvernement ont déposé un recours auprès du Tribunal concernant l'illégalité des aides obtenues par la SNCM, ce recours ne serait pas suspensif et donc la société aurait dû rendre cette somme.
Cette décision de Bruxelles vient compliquer encore un peu plus un dossier déjà difficile, celui de la sauvegarde de la société de ferries sur le bord de la faillite.